Esistono dei fondi diretti cioè linee di finanziamento gestite dalla Commissione europea, il loro scopo è quello di dare attuazione alle politiche europee attraverso dei "Programmi Tematici" e vengono erogati direttamente ai beneficiari (per esempio i Progetti Life, Cosme, Horizon ecc…).
I fondi indiretti (o "fondi strutturali e di investimento" europei), sono così definiti perché la loro gestione è affidata agli Stati membri attraverso le autorità nazionali e regionali che svolgono la funzione di intermediari, in conformità ad una programmazione che deve essere approvata dalla Commissione stessa (PON - Programmi Operativi Nazionali - e POR - Piani Operativi Regionali).