Nel caso in cui il P/P/P/I/A sia assoggettato al Livello II (Valutazione di incidenza appropriata), il soggetto proponente deve allegare, altresì, uno Studio di Incidenza Ambientale (S.I.A.) che è lo strumento di analisi volto ad individuare e a valutare gli effetti negativi anche potenziali sull'ambiente, tenendo conto degli obiettivi di conservazione del sito Natura 2000 interessato.
Lo Studio di incidenza di un P/P/P/I/A deve contenere le informazioni utili per consentire la valutazione dell'eventuale incidenza negativa sul sito Natura 2000 interessato.
Nel caso in cui lo stesso soggetto proponente riconosca la possibile incidenza negativa del suo P/P/P/I/A, nello Studio di incidenza deve indicare le motivazioni che stanno alla base del P/P/P/I/A, le eventuali soluzioni alternative, nonché le opportune misure di mitigazione e di compensazione che intende adottare.
Lo Studio di incidenza ambientale è redatto da un tecnico specializzato.
