I chirotteri sono gli unici Mammiferi alati e capaci di volare; l'ala consiste in una membrana cutanea tesa fra i lati del corpo e gli arti posteriore e anteriore, quest'ultimo estremamente allungato soprattutto in corrispondenza della mano. I chirotteri riposano a testa in giù; le dita delle zampe posteriori sono dotate di unghie molto acuminate, che permettono al pipistrello di agganciarsi a qualsiasi piccola asperità. Si orientano nella notte utilizzando un sistema di ecolocalizzazione: emettono ultrasuoni che,come un segnale sonar, rimbalzano sugli ostacoli e sulle prede tornando all'animale; in questo modo riescono a localizzare gli oggetti circostanti.
A causa delle alterazioni ambientali provocate dall'uomo sono divenuti uno dei gruppi faunistici più minacciati.
Nel Parco sono presenti il Rinolofo maggiore, il Vespertilio di Blyth e il Miniottero.